En - 499, les cités grecques d'Ionie, mécontentes du traitement de faveur des cités phéniciennes et en raison des faiblesses de l'armée perse face aux Scythes, se soulèvent contre l'empire, sous l'impulsion d'Aristagoras, le tyran de Milet, qui demande l'aide des cités grecques. Sparte refuse mais Athènes et Erétrie soutiennent, seules, les révoltés en envoyant une vingtaine de navires pour la première et cinq pour la seconde. Les opérations commencent bien, les révoltés prennent Sardes par surprise et l'incendient en - 498, sans pouvoir réduire la citadelle. La flotte ionienne reprend Byzance. La population grecque de Chypre se soulève. Mais Darius répond vite et fort, comprenant que le conflit se gagnerait sur mer, il décide de construire une flotte en Phénicie et obtient la sumission de certaines cités ioniennes. Les Perses, sous le commandement d'Artapherne le Vieux, battent les insurgés sous les murs d'Ephèse et la flotte grecque est détruite près de l'îlot de Ladé, en - 494, au voisinage de Milet. Cette ville, après un siège par la mer, est détruite, ses habitants déportés en Mésopotamie. L'empereur perse veut se venger des cités grecques qui ont soutenu les rebelles.

En - 492, le général perse Mardonios entreprend une campagne terrestre à travers la Thrace qui résiste avec acharnement. L'expédition perse doit pacifier la Grèce du Nord avant de continuer vers Athènes. Miltiade, chef de la colonie athénienne de Chersonèse, conscient de la supériorité numérique de l'armée perse se replie à Athènes où il devient un des stratèges. Mardonios pénètre en Macédoine quand une tempête détruit la flotte près du Mont Athos.

Avant d'envoyer l'expédition décisive, Darius envoie aux Grecs des messagers pour leur demander "la terre et l'eau" en signe de soumission. La plupart des cités grecques acceptent, parmi elles Corinthe, Argos et Egine, et aussi la Macédoine du roi Amynthas, un ancêtre d' Alexandre le Grand. Mais les envoyés perses sont jetés, à Sparte, au fond d'un puits où il y avait abondance de "terre et d'eau" et à Athènes, dans un précipice, le barathron, où l'on jetait les condamnés à mort tandis que l'interprète est lapidé pour avoir souillé la langue grecque en traduisant les ordres d'un Barbare.

La bataille de Marathon  (13 septembre - 490)

En - 490, une flotte de 600 vaisseaux, transportant hommes, chevaux et machines de guerre, est rassemblée à Tarsus. Elle est commandée par les généraux Datis et Artapherne, traverse la mer Egée et atteint l'Eubée. La ville d'Erétrie est assiégée une semaine puis prise par traîtrise et brûlée en représailles de l'incendie de Sardes. Ses habitants sont massacrés ou faits prisonniers. C'est un avertissement pour les Athéniens. Conseillés par le traître Hippias, un ancien dictateur d'Athènes, les Perses débarquent dans la plaine de Marathon, à une quarantaine de kilomètres d'Athènes, tandis que la moitié de l'armée perse reprend la mer pour attaquer directement la cité d'Athènes. Sparte refuse de combattre en raison de la fête religieuse des Karnéia et ne sera disponible qu'après la pleine lune, seule, Platées envoie un contingent. Athènes est en infériorité numérique.
 

Une première bataille, politique, oppose Miltiade à la moitié des stratèges athéniens qui estiment les Perses trop nombreux et préférable de soutenir le siège. Miltiade connaît bien l'armée perse, en effet, il a participé, à titre de vassal, à la campagne contre les Scythes. Pour l'emporter, le soutien du polémarque Callimachus lui est nécessaire, et lui est accordé. A présent, il faut attendre, outre les Spartiates, le tour de Miltiade pour commander l'armée. Les Grecs, sur les hauteurs, patientent et les Perses ne s'engagent pas sur ce terrain difficile. Après une dizaine de jours, le stratège Miltiade, las d'attendre les Spartiates, étend la ligne des Grecs sur un front aussi large que l'armée Perse soit 1600 mètres. Pour y arriver, le centre est dégarni et les ailes  renforcées. A 1500 mètres de l'ennemi, les hoplites, sans cavalerie ni archers, marchent vers l'ennemi, puis, dès qu'ils sont à portée de flèches, attaquent au pas de charge. Les Perses, les croient fous.

Miltiade (mort en - 489)

Armés de longues piques et de larges boucliers, ces hoplites, protégés par leurs armures, en formation de phalange, n'ont subi que peu de pertes par les volées de flèches et déjà ils abordent les premiers rangs perses. Le combat dure longtemps, les Perses enfoncent le centre de l'armée grecque comme attendu mais les ailes grecques opposées aux levées des tribus et aux conscrits ioniens peu motivés prennent l'avantage. Au lieu de les poursuivre, ils se rabattent sur le centre dans une manoeuvre de tenaille. Les soldats perses sont pris au piège. La panique saisit leurs rangs. L'armée d'invasion fuit et une partie est noyée ou massacrée dans les marais, l'essentiel cependant rembarque. Les Perses ont perdu 7 trirèmes et 6 400 combattants, les Grecs "seulement" 192. Miltiade laisse un détachement de garde et les Grecs rejoignent Athènes à marche forcée. Une légende raconte qu'un messager, Philippidès les a précédés en courant sur tout le trajet, pour annoncer la victoire et est mort juste après l'arrivée à Athènes. Les hoplites grecs arrivent avant les navires perses qui rebroussent chemin et rentrent chez eux.
  

Xerxès poursuit le projet de Darius

Xerxès 1er, le nouveau Grand Roi est plus intraitable et prépare une nouvelle campagne dès - 483. Il décide d'attaquer par la route du Nord et fait creuser le canal du Mont Athos durant trois ans pour faciliter le passage de sa flotte. Des ponts et des entrepôts sont installés le long des routes d'invasion en particulier en Thrace.

Les Grecs reprennent leurs querelles, Athènes est en guerre contre Egine, Sparte remplace son roi Cléomène par Léonidas. Mais depuis - 484, la récente mise en exploitation des mines du Laurion apporte un source de revenus nouvelle pour les Athéniens. Thémistocle qui mène une guerre maritime contre Egine, ne dispose que de pentécontères et de triacontères, navires lents et anciens, "inventés" au VIIème siècle. Il persuade les Athéniens de renoncer à ces revenus et de construire rapidement une flotte de 200 trières avec trois rangs de rameurs pour vaincre les Eginètes comme nous l'apprend Plutarque dans la Vie de Thémistocle. Cette arme est vite utilisée et sert aussi pour chasser les pirates ce qui entraîne les équipages. Réunis à Corinthe, les Grecs résolus à combattre décident de cesser leurs conflits internes. Le commandement est confié à Sparte, la plus puissante cité au point de vue militaire. Les espions envoyés par Thémistocle pour se renseigner sur les forces perses sont capturés mais Xerxès donne l'ordre de les libérer car il pense que quand les Grecs seront informés, ils renonceront à se battre.
 

En - 481, une armée de 200 000 hommes, comprenant des Grecs, commandée à nouveau par Mardonios, traverse l'Hellespont sur un double pont de barques recouvert de troncs d'arbres et de terre. Une tempête détruit ce pont et Xerxès fait fouetter la mer pour la punir nous raconte Hérodote. L'armée perse traverse la Macédoine et la Thessalie et occupe le nord de la Grèce. En réponse à cette menace, une partie des Grecs fonde la ligue Hellénique.

300 Spartiates commandés par Léonidas accompagnés par des Thespiens, des Béotiens et des Thébains se postent au défilé des Thermopyles pour retarder l'avance irrésistible de l'armée ennemie. En effet, ce passage est étroit mais indispensable pour l'armée perse si elle veut garder le contact avec sa flotte. Ce sont près de 8 000 hoplites grecs qui se battent sans merci contre une armée perse très supérieure en nombre. Grâce à une trahison, les Perses contournent les positions grecques. Léonidas garde un millier d'hoplites (Spartiates, Thébains et Platéens). Xerxès est surpris par ces combattants qui luttent jusqu'au dernier et lui infligent de nombreuses pertes (20 000 environ). Leur sacrifice fournit à l'armée grecque dix jours pour se préparer.

L'armada perse (près de 1200 trières), suit la côte et se présente devant le cap Artémission où la flotte grecque l'attend, commandée par le spartiate Eurybiade et le corinthien Adimante. Ce dernier, devant l'ampleur de la flotte ennemie, quitte l'Artémission et longeant le canal de l'Eubée vient se poster dans un site très étroit, Chalcis. Les Perses peuvent à présent débarquer sur les arrières de Léonidas, mais ils longent la côte plus au sud et mouillent au cap Sépias, où la côte rocheuse les empêche de remonter les navires sur la côte et de s'amarrer de façon fixe. Trois jours durant, la tempête va frapper cette flotte et détruire environ quatre cents navires. Eurybiade revient au cap Arthémission. Mais malgré ses pertes, la flotte ennemie reste trop nombreuse, Eurybiade pense à faire demi-tour avec ses deux cents soixante et onze vaisseaux dont le plus important contingent est athénien (127 selon Hérodote). Mais les Eubéens.demandent de patienter le temps de mettre à  l'abri "leurs enfants, leurs femmes et leurs esclaves". Eurybiade n'est pas convaincu, ils se tournent vers Thémistocle qui commande l'escadre athénienne et avec trente talents "l'engage à faire rester la flotte devant l'Eubée pour y livrer le combat naval". Thémistocle à son tour convainc Euribiade et Adimante avec quelques talents. La flotte grecque reste donc au cap Artémission.

C'est à ce moment que Achemenes, le Grand Amiral de la flotte perse et demi frère de Xerxès, décide d'envoyer une escadre composée de deux cents navires, contourner l'île d'Eubée côté mer de façon discrète, pour empêcher la flotte grecque de fuir et fait stationner le reste de la flotte aux Aphètes, un lieu plus adapté pour le mouillage que le cap Sépias. Hérodote nous raconte qu'un plongeur de Scioné ,nommé Scyllas en profite pour passer du côté des Grecs et les avertit de la situation de la flotte perse et de l'escadre qui contourne l'Eubée. Les Grecs se portent au devant de cette escadre la nuit suivante et ne voyant rien décident le lendemain de combattre les Barbares. Les Perses voyant une si petite flotte venir contre eux, les jugent insensés et s'apprêtent à remporter le combat en raison du nombre et du fait que leurs vaisseaux sont meilleurs voiliers que ceux des Grecs. La marine grecque adopte la tactique du kyklos ou formation en cercle, les proues tournées vers l'extérieur. Puis ils attaquent de front et enlèvent trente vaisseaux aux Perses. Mais la victoire ne choisit pas son camp et la nuit sépare les combattants. Les Grecs retournent au cap d'Artémission et les Perses aux Aphètes où ils subissent une nouvelle tempête. Mais l'escadre qui contourne l'Eubée est brisée contre les rochers, pas un n'en échappe. La flotte grecque renforcée par 53 vaisseaux athéniens fondent sur les vaisseaux ciliciens, les détruisent et retournent à Artémission. Le lendemain, les Perses attaquent, le jour de la bataille des Thermopyles, et enveloppent la flotte grecque. Le combat est rude, les pertes grecques en hommes et en vaisseaux sont importantes mais les Perses en subissent davantage. Ce sont près de 400 navires de l'armada perse qui sont coulés.
 
 

La bataille de Salamine (19 octobre - 480)

Les Athéniens ne peuvent résister dans l'Attique et l'oracle est très alarmiste :

"Quitte ta demeure, fuis aux extrémités de la terre (...) tout est détruit par l'incendie et par l'impétueux Arès monté sur un char syrien"

Mais les théores athéniens obtiennent une deuxième consultation plus précise:

"Reste le mur de bois pour Tritogénie (Athena) comme unique moyen de briser les assauts, à toi, à tes enfants, il servira. Ne va point pour ta part, de la cavalerie attendre l'arrivée et de l'armée terrestre qui afflue d'un continent. Ne reste pas sur place, il te faut reculer, tourner le dos. Un jour, crois moi, tu finiras par faire front. Divine Salamine!..."

Thémistocle, renforcé par cette appui divin, fait évacuer l'Attique pour se réfugier dans le Péloponnèse où les cités sont plus motivées pour lutter contre les Perses. La ligne de défense est centrée sur l'isthme qui permet d'entrer dans le Péloponnèse. Xerxès trouve Athènes presque vide et l'armée perse la pille, massacre les grecs qui ont refusé de quitter la cité puis incendie les temples de l'Acropole en - 480 en souvenir de Sardes. Puis la flotte perse se présente devant Salamine.

La majorité des stratèges athéniens sont prêts à la retraite vers le Péloponnèse. Thémistocle qui commande la flotte grecque avec le spartiate Eurybiade, est appuyé par Mégare et Egine et propose la bataille. Pensant qu'il ne sera pas écouté, il envoie un "messager" à Xerxès pour lui faire croire que les Grecs sont sur le point de s'enfuir et l'incite à attaquer. Xerxès a fermé les deux passes par sa flotte et il est installé sur un trône face à la bataille qu'il considère comme gagnée d'avance. La moitié de la flotte perse s'engage dans le détroit de Salamine et les trières grecques se retournent pour attaquer la flotte ennemie. L'espace est très restreint et les trières grecques, plus légères, sont très mobiles et encerclent les navires perses. Puis les étraves en bronze percent les coques ennemies. C'est un désastre pour la flotte perse qui perd la moitié de ses navires, coulés ou capturés contre 40 pour les Grecs. Un corps expéditionnaire perse est massacré sur l'île d'Astypalia toute proche. Xerxès rentre en Perse et laisse en Thessalie son général Mardonios, une partie de la flotte et l'armée. Mardonios cherche à négocier avec Athènes, en vain.  
 

La bataille de Platées

En - 479, celui ci envahit encore l'Attique, puis s'installe en Béotie, près de Thèbes, cherchant un lieu propice pour affronter les phalanges grecques décidées à livrer une bataille rangée. Les Spartiates sont présents et leur roi Pausanias dirige l'armée grecque. Plus de 40 000 hoplites, dont 10 000 Spartiates, supportent le choc de la puissante armée du Grand Roi et ses alliés dont les Thébains ennemis d'Athènes, comprenant 200 000 fantassins et 20 000 cavaliers à Platées. La bataille dure 13 jours. Les Grecs contre-attaquent et mettent les Perses en fuite, Mardonios y perd la vie. La destruction de la flotte et d'une armée perse par les Grecs, au cap Mycale, près de Samos, complète l'échec de la campagne perse. Les débris de l'armée perse commandés par Artabaze, repassent les détroits. C'est la dernière tentative d'invasion de la Grèce par les Perses achéménides.

Les populations des îles et les cités de la côte ionienne se révoltent et expulsent les garnisons perses.

Au printemps suivant une flotte soumet les cités grecques encore fidèles au Grand Roi. Ces succès ne mettent pas fin à l'état de guerre.

Athènes profite de la situation et, pour prévenir toute nouvelle attaque, s'allie à de nombreuses cités grecques au sein de la Ligue de Délos en - 478. Sparte est occupée par des soucis internes et ne peut jouer un rôle dans la lutte contre la Perse. Dans la décennie suivante, la Ligue de Délos progresse vers les Détroits et en Ionie. Vers - 465, le Grand Roi Artaxerxès Ier envoie une flotte contre les Grecs qui est détruite en deux batailles, l'une terrestre et l'autre navale, celle de l'Eurymédon en - 466, sur la côte sud de l'Asie mineure, où 200 trières phéniciennes sont détruites ou capturées par les vaisseaux commandés par Cimon, le fils de Miltiade. La puissance navale perse n'existe plus, elle disparaît de la mer Egée. Après cette défaite toutes les cités grecques d'Anatolie sont membres de l'alliance dominée par Athènes.

La fin des Guerres Médiques intervient après la paix de Callias (-449 -448), concédée par Artaxerxès.

Ensuite la Grèce va se déchirer au cours de la Guerre du Péloponnèse. 
   

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